1940年在重慶國民黨軍事委員委密電偵譯處，黎征農接到毛主任的電話，並彙報了從昨天晚上到現在已經截獲了354封密電，分別是日軍航空隊，日軍各個師團突然更換了密碼，都是同一種密碼，到目前為止一封也沒有破譯出來。
黎征農來到破譯處，詢問大家破譯的怎樣，眾人都無所收獲，黎征農說他們都是黨國的偵譯界的頂級權威，就怎麼奈何不了小鬼子...的鬼密碼。下邊人說這是一些全新...的高級密碼，通常情況下是需要3年破譯的。黎征農聽後說日軍一夜間頻繁發報多達三百多份，這一定是有重大行動，此時已經驚動了最高政府。
毛主任對破解專家們說，根據軍統局...的情況，日軍今日采用重大的戰略行動，行動代號是虎穴，目標就是他們重慶，並分析這些電報跟虎穴緊密相關。下邊人說如果想要破譯這樣的代碼，不僅要精通密碼學，還要精通日語、日本文化。黎征農聽後說他們有這樣的人。陳長官聽後詢問，黎征農突然改口說人才他們不缺，陳長官說不要給他打馬虎眼。毛局長讓所有人都出去，告訴陳長官此人是譯電科科長鄭雲帆，並說他是數學天才才能。黎征農說如果他如果不能破譯，那麼全中國就沒有人能破。毛主任說這個現在正在隔離觀察，他有親共現象。陳長官聽後說把他接過來，他就在這邊等，一定要見見這個天才。
日軍飛機上，久井中佐告訴下邊人從現在開始不要說日語，下邊人質疑虎穴行動要必須執行嗎?日井聽後說如果在質疑命令就地槍決。
茶館中，小曲說他截獲了一份密電，他破譯了部分內容，是關於虎穴行動的內容，並說電報上說，日本人將在重慶實施一個代號為虎穴...的特別行動，要求埋伏在重慶的特工下午5點鍾跟一個人會麵，具體地點跟人他沒有破譯出來，另外一個人聽後說，這就對了，其他渠道獲得信息是他們要在羅曼咖啡廳會麵。並安排讓他們一定要弄清楚虎穴的具體內容。
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黎征農來到了關押鄭雲帆住處，詢問了一下鄭雲帆的情況，然後來見鄭雲帆。告訴鄭雲帆要接他回譯電處，有重大的密電需要他去破譯，鄭雲帆說自己已經告退了，要接他回去就直接送他回家。黎征農說不會讓他在破譯共產黨的密碼了，並把日本人的密電交給了鄭雲帆。並說陳長官跟毛主任都在等著他，並勸鄭雲帆要抓住這個機會，要不他將會終身監禁，並說從昨天晚上到現在他們已經截獲了三百多份。
鄭雲帆聽後說黨政軍警憲特六大係統都有自己的破譯人員，黎征農說六大係統都束手無策，鄭雲帆說是一種新型高級密碼，誰也不能在短期內破譯。六大係統束手無策理所當然。也可以根據發送者發送-的數量來做出判斷，並詢問去年5月3日4日發生了什麼事情，黎征農說日軍對重慶發動的大轟炸，鄭雲帆詢問5月2日發生了什麼，並告訴黎征農5月2日是大轟炸的前夕，日中各軍種也頻繁發報，數量也高達三百多封。鄭雲帆跟這回密電室。
鄭雲帆來到密電室見到陳長官，陳長官考驗鄭雲帆，鄭雲帆對答如流，陳長官詢問是否能破譯密電，鄭雲帆說這種高級密碼短時間內無法破譯，現在不要管這些電報，重點監聽菊花跟海盜這2個電台，下邊人告訴說從昨天晚上這2個電台就實施了無線電靜默，鄭雲帆說重大行動前，日本人不會犯這種低級錯誤，這2個電台一定是修改了發報時間跟頻率，陳長官聽後讓所有人按照鄭雲帆說-的去做。
鄭雲帆跟六二猴查到了海盜台的密電，並破譯出來電報內容是大霧大霧大霧，然後繼續跟六二猴查找菊花台。並截獲了菊花台-的密電，菊花台也更換了密電。
中共人員綁架了眼鏡蛇，並獲得了眼鏡蛇跟日本人碰頭的文件，然後前往羅曼咖啡廳與久井碰頭。