郭鴻翔到兗州後馬上召集包含吳興武等在內-的多名官員訓話,認為中間一定有人誣告欽差大臣。通判胡寧和知縣黃耐東、知縣趙興成求見郭鴻翔,認可舉報信是他們三人所發,原因是秦升曾分別和他們談話,名義上了解賑災事務,言語中暗含敲詐之意。郭鴻翔據三人證詞奏明朱元璋。朱元璋決定親赴兗州查辦此案。秦良綱於途中覲見朱元璋。朱元璋準其隨早年往兗州探望秦升。朱元璋在兗州府衙大堂禦審秦升,胡寧、黃耐東、趙興成等人出庭作證。胡寧還招認派往京城給秦家送去書箱的商人王克勤是他的朋友。朱元璋提審王克勤,王在堂上指認命他送書箱回家的就是秦升。在爾後的審訊中,胡寧等人堅持原來的供詞。案情對秦升晦氣,朱元璋向張子恭詢問秦升的情況。張子恭表現並沒有發明秦升有索取賄賂嫌疑,不外,他透露曾有女子子夜收支秦升-的房間。朱元璋無奈之下命郭鴻翔審訊秦升。秦升在酷刑之下招認曾分別向胡寧、黃耐東、趙興成索賄共計黃金三百四十兩,白銀五百一十兩,以及金銀首飾、珠寶首飾七件。又怕帶在身邊未便。故命胡寧布置商人王克勤替他將財物送往家中。鑒於秦升受刑中腰椎病發生發火,朱元璋命人將其暫押在獄中。收押秦升後,朱元璋命張子恭繼續視察賑災事務,爾後一行人離開兗州。