上海第三次工人武裝起義取獲勝利，起義軍隊和薛師長的北伐將士勝利會師，受到了上海民眾的熱烈歡迎，而身處安徽的蔣介石獲得這一消息則大為惱火，他吩咐派劉峙馬上去上海接替薛嶽。陳獨秀此時又開始擔憂國民黨上層會有想法，特意讓羅亦農送信去交給吳稚暉，告訴他共產黨決不會在上海建立無產階級政府，請他千萬不要相信右派的言論。吳稚暉獲得消息後在和蔣介石的通電中讓對方盡管放開手腳幹革命，要趁汪精衛回國之前把上海、南京都抓在手裏，不能讓汪精衛染指。毛澤東的武漢農講所辦得風生水起，林伯渠在農講所參觀時看到女教官向影雲和趙一曼正在訓練勇敢打破封建枷鎖的婦女同誌們，他看著這些從前裹足、穿耳、人身毫無自由的女子如今一個個成為了命運抗爭的花木蘭，不由感慨萬千。一二七年三月二十四日，國民革命軍江右軍第二、第六、第四十軍主力占領南京，隨即發生暴兵搶劫外國人的事件，外國領事館、教堂、學校、商社、醫院、外僑住宅均遭侵犯和洗劫。下午三時許，英艦綠石號和美艦諾亞號、普林斯頓號開炮轟擊南京，造成南京軍民傷亡兩千多人的慘案，史稱南京事件。蔣介石從報章上了解這一事件後非常震怒，他叫來占領南京的三軍軍長訓話，他欲拿下上海和南京必須獲得外國友人的支持，如今的形勢卻對他十分不利，他堅信此事是有人在內部搞鬼，他下令必須徹查、迅速處置。上海總商會會長召集各商會成員開會，轉達蔣介石的意思，稱他一旦來到上海定會站在他們一邊，但當務之事是需要他們為軍隊解決龐大的軍費開支。在會長認捐五萬大洋作為拋磚引玉之後，各成員單元紛紛大方解囊。林伯渠來到南京城外六軍臨時指揮部找到軍長程潛，向他轉交譚主席的密令，令其拘捕蔣介石，並押往武漢。就在程潛左右為難之際，手下來報稱蔣總司令派何應欽率第一軍到南京，如今已經占領周圍高地，似乎對第六軍有不良企圖。但饒是獲得這樣的消息程潛依舊優柔寡斷下不了決心，林伯渠在一旁急得直跳腳。何應欽可就沒有程潛那麼心慈手軟，同一時間何應欽已經派出武裝軍隊來到第六軍執行蔣介石的清黨行動，程潛因其親共行為早就成為蔣介石的眼中釘了。蔣介石來到上海，他宣布解除上海特別市臨時政府的一切職能，禁止工人、市民、學生示威遊行，並對駐滬的各國使節示好。陳獨秀召開會議，他非但沒有對蔣介石的政變表現憤慨，還提出共產黨眼下當務之急是緩和和蔣介石、張靜江的敵對關係，沒想到會議進行中獲得上海工人已經自發地舉行罷工的消息，周恩來顧全大局受命前往勸說工人停止罷工。湘鄂贛粵四省農民協會以及河南農民武裝自衛軍代表聯席會議馬上在武昌舉行，毛澤東在準備會議上再次闡明中國農民運動是中國革命能否取獲勝利的關鍵。譚延闓讓秘書發電報：蔣介石的行為是反革命，中執委下令免去蔣介石國民革命軍總司令職務。同時命蔣介石即時回武漢，進行總司令職務交接，不得以任何理由予以拖延，蔣介石收報，氣憤難平。