故事延續著的《吸血鬼德古拉》，HELLSING教授打倒了不死的德古拉之後，時間過了約100年，英國王立國教騎士團是專門殲滅對抗大英帝國和英國國教的反基督怪物的特殊機關，而其中的王牌是拿著常人無法使用的大口徑手槍的吸血鬼阿爾卡特，在一次任務中轉化了被狹持的女警西洛斯，之後兩人就以主仆的關係進行任務。
　　但是潛伏在曆史陰影中的敵人也正在重整旗鼓，一連串不尋常的人造吸血鬼肆虐事件指向了一個秘密的組織“千禧年”， 這個組織由躲藏在南美的納粹殘黨所建立，在領導人少校的指揮之下，許多加入組織的黨衛軍老兵接受了改造成了不死的 吸血鬼軍團“最後的大隊”，另外，少校手下的“狼人部隊”擁有超乎知識的超自然能力以及殺戮的意誌，也成了相當恐 怖的敵人。
　　他們的目標是：消滅阿爾卡特以及Hellsing，毀滅英國，將無盡的戰火再度帶到這世界上。
　　Hellsing不得已與平時在政教上為敵對關係，卻又同為消滅異端怪物的機關，法王廳十三課合作。但是擁有強大軍團的 法王廳卻有著自己的打算，使得情形更加複雜。
　　此時，最後的大隊以及狼人部隊終於對倫敦發動殲滅戰，潛伏的吸血鬼支持者也傾巢而出。英國各處死傷慘重，Hellsing也元氣大傷，法王廳十三課課長馬克斯威爾趁機發動第九次十字軍登陸戰，企圖作收漁翁之利，讓國教徒永遠從英國消失。英國女王也宣布在最後手段下，將動用核武攻擊已為死城的倫敦。
　　在阿爾卡特發動死河之後，最後的大隊以及十字軍迅速潰敗，法王廳十三課也近乎毀滅。血腥的黎明來到之前，三方的戰力已剩下最後的底牌，然而少校似乎有著更大的陰謀……
　　這場地獄之戰中，誰會是最後一個活下來的人？

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