在人類修改植物遺傳因子，企圖控製植物的愚蠢計劃失敗後，樹木開始具有了思想意識，月球表麵的樹木毫無節製的變大，並以無法想象的速度滋生蔓延，最終竟然化為龍型怪物襲擊了地球，爆炸帶來的強烈閃光籠罩著地球，地球麵臨著從未有過的大災難。300年的時光匆匆流去……
地球在遭到有意識的樹木襲擊後，殘存下來的一部分人類為了求得生存放棄了與森林敵對的思想，開始尋求與森林共同生存之道。因此殘存下來的人分成了與森林共存的種族和與森林敵對的種族。阿基德（勝地涼配音）等人在叫做“中立都市”這個荒涼的地方以與森林共存為宗旨生活著，雖然環境極度惡劣但是他們仍然堅強愉快地過活。直到有一天，阿基德與好友凱因一起到傳說中的禁忌之泉取水，在那裏，阿基德發現了一個閃耀著神奇光芒的機械，以及沉睡在其中的美麗少女——朵拉（宮崎葵配音），無意間的邂逅改變了那個世界的命運。阿基德喚醒了沉睡的朵拉，才知道原來她並不屬於這個時代，而是利用先進科技手段減緩新陳代謝，沉睡了300年的過去世界的人。
來到了“中立都市”的朵拉受到了現實世界的強烈衝擊——人們住在倒塌的建築中，即沒有電也沒有自來水，就連取泉水也困難重重……這樣的生活，讓這個來自文明社會的朵拉困惑了——難道世界變化了300年，科技文明反倒倒退的蕩然無存。“中立都市”的人們對待這位來自300年前的朵拉非常友善，可是森林卻像怪獸一樣對她展開莫名的攻擊，在無法忍受的情況下，朵拉的感情終於爆發了。
就在此時，與森林敵對的都市“萊克納”出現了一個同樣是來自過去的男人休納克。他告訴朵拉，她就是讓文明社會複原的關鍵，並要帶她離開。雖然朵拉可以讓人類擺脫現在的困境，但這個使命充滿著危險。為了保護朵拉，阿基德與“森林”簽定契約，得到了無窮大的力量，作為契約條件之一他變成了“銀發”，伴隨著兩個人的“使命”和“禁斷之力”，充滿謎團的故事會怎樣發展呢

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